Az e-útdíj bevezetése nem csak bonyolultabbá, egyben költségesebbé is tette számos fuvarozással, szállítmányozással foglalkozó cég és vállalkozó életét. A legnagyobb kérdés az lehet az útdíjjal kapcsolatban, hogy a rendszer révén keletkezett plusz költségeket ki fizeti meg – köteles a fuvarozó magára vállalni azt, vagy áthárítható valahogyan a megrendelőre?
Arra is érdemes ugyanakkor odafigyelni, hogy a vonatkozó jogszabályok nem teszik lehetővé – és ennek eleve sem volna sok értelme – hogy az elektronikus útdíj költségeit önálló szolgáltatásként számlázzák ki a megrendelő részére. Ennek oka elsődlegesen az, hogy az útdíj alapvetően nem minősíthető szolgáltatásnyújtásnak vagy termékértékesítésnek. Ezt a fuvardíjba beépítve, annak részeként számolhatják el a fuvarosok, mivel a szolgáltatás bekerülési értékének része. Szintén megemlítendő, hogy a fuvarozók továbbszámlázhatják az útdíjat közvetített szolgáltatásként, ezt azonban nem tehetik meg automatikusan, a számla kiállításakor. Ennek révén a költségek levonhatóak az iparűzési adóalapból. Erre ugyanakkor csak akkor van lehetőség, ha a továbbszámlázás módja megfelel a törvényi követelményeknek.